黑龙江畜牧兽医

2020, No.605(17) 18-25

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2018—2019年广东省猪流行性腹泻病毒S1、M和ORF3基因遗传进化分析
Genetic evolution analysis of Porcine epidemic diarrhea virus S1, M and ORF3 genes in Guangdong province from 2018 to 2019

范兰兰;于林洋;班艳芳;董建国;张驰;王爽云;刘献辉;梁太润;张乐宜;刘燕玲;宋长绪;

摘要(Abstract):

为了了解2018—2019年广东省猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)的遗传变异情况,试验采用RT-PCR方法对采集到的69份样品进行PEDV抗原检测,并对部分阳性样品的S1、M和ORF3基因进行测序,再利用分子生物学软件对测序结果与NCBI中的参考毒株进行遗传进化树的构建、同源性分析及氨基酸序列比对。结果表明:经RT-PCR检测有38份样品为PEDV阳性,阳性率为55%,阳性率较高。在PEDV S1基因遗传进化分析中,检测毒株均位于G2分支,与VN-VAP1113核苷酸序列同源性较高,为96.0%~97.6%;主要有3个氨基酸缺失、5个氨基酸插入及多个氨基酸突变。在PEDV M基因遗传进化分析中,GDxh毒株位于G1-2分支,与DR13核苷酸序列同源性较高,为98.3%;GDhz-1毒株位于G2-1分支,与VN-VAP1113核苷酸序列同源性较高,为98.3%;其他12株毒株位于G2-2分支,与OH851核苷酸序列同源性较高,为97.4%~99.1%;主要有5个氨基酸突变和1个氨基酸插入。在PEDV ORF3基因遗传进化分析中,GDxh毒株与DR13核苷酸序列同源性为91.6%,主要有4个氨基酸突变和一段氨基酸缺失;其他检测毒株均位于G2分支,其中7株毒株与OH851核苷酸序列同源性为90.2%~92.0%,主要有5个氨基酸突变;另外5株毒株与VN-VAP1113核苷酸序列同源性均为87.6%,主要有11个氨基酸突变。说明2018—2019年广东省PEDV流行毒株主要为G1型和G2型,流行情况复杂,其S1和ORF3基因对应的氨基酸序列容易发生突变、插入或缺失,给该地区猪流行性腹泻的防治工作带来较大挑战。

关键词(KeyWords): 猪流行性腹泻病毒(PEDV);流行性;肠道;抗原检测;S1、M和ORF3基因;测序;遗传进化分析

Abstract:

Keywords:

基金项目(Foundation): 国家重点研发计划项目(2018YFD0501102);; “十二五”农村领域国家科技计划项目(2015BAD12B02-5);; 2018年乡村振兴战略专项(构建现代农业体系)重大动物疫病防控技术研究和推广项目;; 广东省重点领域研发计划项目(2019B020211003);; 广东省畜禽地方品种保护与研发利用提升工程项目

作者(Author): 范兰兰;于林洋;班艳芳;董建国;张驰;王爽云;刘献辉;梁太润;张乐宜;刘燕玲;宋长绪;

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参考文献(References):

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